在战略相持阶段，中国共产党肩负起抗击日本侵略军的主要责任，党领导的敌后游击战争成为主要的对日作战方式。
日军对抗日根据地“扫荡”的重点是华北地区。1939年春，日本华北方面军制定了“治安肃正计划”，实行军事、经济、文化、特务一体的“总力战”。在1939年和1940年的两年中，仅华北地区日军出动千人以上的大规模“扫荡”就有109次，使用兵力总计在50万人以上。
根据“巩固华北”的战略方针，八路军在华北依靠广大群众，坚持山地游击战争，发展平原游击战争。1939年11月上旬，晋察冀部队在第一二〇师的配合下进行黄土岭伏击战，击毙日本独立混成第二旅团旅团长、所谓“名将之花”阿部规秀中将。《新中华报》发表短评：“抗战以来，敌军中将指挥官，在战场上被我击毙者，此还算是第一次。真值得我们兴奋！”
为了贯彻“发展华中”的战略方针，1939年2月，周恩来受党中央委托，到皖南同新四军领导人商定：新四军的战略任务是向南巩固，向东作战，向北发展。此后，新四军和华中敌后抗日游击战争有了较大发展。1940年5月，党中央派八路军一部1.2万人南下，同新四军一起发展华中抗日根据地。
在华南，广州失陷后，中共广东党组织积极领导开展游击战争，创建东江抗日游击根据地和东江纵队。长期战斗在海南岛的红军游击队开展抗日游击战，后来发展为琼崖纵队。
在东北，党领导的东北抗日联军长期坚持在白山黑水之间，给日、伪军以沉重打击，成为全国抗战中的一支重要力量。在这一时期，日本侵略者对东北抗日联军展开持续残酷的军事“讨伐”。在极端困难的环境下，东北抗日联军不屈不挠地坚持斗争。1938年10月，冷云等东北抗联8名女战士陷入敌人包围后，投入冰冷的乌斯浑河，英勇殉国。1940年2月，东北抗联第一路军总司令兼政治委员杨靖宇在濛江县（今靖宇县）境内陷入日军“讨伐”队重围，冒着零下40摄氏度的严寒，同数倍于己的敌人浴血奋战，最后只身一人，坚持战斗，直至壮烈牺牲。残忍的敌人剖开他的腹部，发现在他的胃里竟没有一粒粮食，有的只是枯草、树皮和棉絮。
从1938年冬到1940年的两年多时间，中国共产党领导的敌后抗战牵制和抗击了大量侵华日军，人民抗日力量在战斗中成长壮大起来。到1940年底，共产党领导的武装部队发展到50万人（东北抗日联军未计算在内），还有大量地方武装和民兵；在华北、华中、华南创建了16块抗日民主根据地，在全民族抗战中发挥着日益重大的作用。
多位国际友人不远万里来到中国，参加艰苦的敌后抗战。他们中有加拿大共产党员诺尔曼·白求恩、德国医学博士汉斯·米勒、美国医学博士马海德、印度医生柯棣华等。1939年11月，在晋察冀军民反“扫荡”作战中，白求恩大夫在抢救八路军伤员时不幸感染中毒，为中国人民的解放事业献出了生命。12月，毛泽东在《纪念白求恩》一文中，号召学习白求恩毫无自私自利之心的精神，做“一个高尚的人，一个纯粹的人，一个有道德的人，一个脱离了低级趣味的人，一个有益于人民的人”。
在敌后战场上，随着人民武装和抗日根据地的迅速发展，也由于当时中国出现了空前的投降危险与抗战困难，1940年8月至翌年1月，八路军总部在华北发动了一次大规模的对日军的进攻。8月20日夜，参战部队、游击队、民兵同时发起攻击。随着战役的展开，陆续参战的部队达到105个团20余万人，这就是百团大战。百团大战是全民族抗战以来八路军在华北发动的规模最大、持续时间最长的一次带战略性进攻的战役。至1940年12月初，敌后军民共作战1824次，毙伤日、伪军2.5万余人，俘日军281人、伪军1.8万余人，破坏铁路470余公里、公路1500余公里，摧毁大量敌碉堡和据点，缴获大批枪炮和军用物资。百团大战给日军的“囚笼政策”以沉重打击，提高了共产党和八路军的威望，在抗日局面比较低沉时振奋了全国人民的信心。
（本文来源于人民出版社、中共党史出版社联合出版的《中国共产党简史》）